Het bestuur van de stichting is opgedragen aan de directie.
De directie bestaat uit een algemeen directeur.
De stichting kent een raad van toezicht die statutair uit zeven leden bestaat. De statuten, regelementen en de wijze waarop hiermee gewerkt wordt, voldoen aan de code van de Cultural Governance, het ‘keurmerk’ voor de werkwijze in de culturele sector. Stichting Mommerskwartier onderschrijft de Code Diversiteit & Inclusie en de Fair Practice Code en past deze toe.
Het beloningsbeleid is conform museum CAO.